Mustafa Kemal Atatürk 1898 yılı Aralık ayının ortalarında Manastır Askerî İdadisi'ni, notları kendisiyle aynı olan Selanikli Ahmet Tevfik'le birlikte birinci olarak bitirmiş ve orta öğrenimini tamamlamıştır. 1899 yılının Mart ayı ortalarına kadar Selanik'te tatilini geçiren Mustafa Kemal, İstanbul Pangaltı'daki Harbiye Mektebi'nde yüksek öğrenimine devam etmek için Selanik'ten vapura biner ve İstanbul'a, Payitaht'a hareket eder. Böylece bütün çocukluğu ve ilk gençlik yıllarının geçtiği Makedonya'dan ilk defa ayrılır.
Birikimi ile yeni bir hayata atılacağı, kişiliği ve düşüncelerinin daha da olgunlaşacağı Harp Okulu'na girişi (duhulü) 1 Mart 1315 / 13 Mart 1899, Apolet Numarası 1283'tür."Harbiyeli Mustafa Kemal", buradaki "1315 Duhullülere Mahsus Künye Defteri" ne "Selanik'te Koca Kasım Paşa Mahalleli Gümrük Memurlarından müteveffa Ali Rıza Efendi'nin mahdumu uzun boylu, beyaz benizli Mustafa Kemal Efendi Selanik 96" olarak, 1282 Selanikli Ahmet Tevfik Efendi (96) ile 1284 Manastırlı Recep Fahri Efendi (95) arasına kaydedilecektir.
Mustafa Kemal, o sene sınıf mevcudu bazı hatıralara göre 900'ü geçen, bazı kaynaklara göre de 736 olan Harp Okulu'nda altı kısma ayrılan birinci sınıfların birinci kısmında idi. Harp Okulu’nun komutanı Mustafa Zeki Paşa’dır. 1884 yılında getirildiği Okul Komutanlığı görevini 1906 yılına kadar ifa etmiş ve tam 22 yıl Okul Komutanlığı yapması ile de Harbiye’de en uzun süre hizmet eden Okul Komutanı olmuştur.
Mustafa Zeki Paşa, alim bir komutandır. Çok okumakta ve yazmaktadır. Memlekete bilgili, vatanperver subaylar yetiştirmek için çok çalışmakta ve öğrencileri ile ilgilenmektedir. Mustafa Kemal, İsmet İnönü, Kazım Karabekir ve Fevzi Çakmak gibi birçok ünlü komutanı yetiştirmiştir. Mustafa Zeki Paşa, Goltz Paşa’nın “askeri okullar müfettişi” olması ve Esat (Bültani) Paşa’nın “ders nazırı” olması ile de Harp Okulu’nu çağa uygun bir müfredata uydurmak için gerekli kadroları oluşturur.
Alman, Fransız, Belçika Harp Okullarının ders programları tetkik edilerek okul programını yeni baştan oluştururlar. Artık Harp Okulu, talim ve terbiye bakı-mından yeni bir devreye girer. Mustafa Kemal ve silah arkadaşlarının belki de en büyük şansı okulun yeni devresinde Harp Okulu’na girmeleridir. Atatürk, İstanbul’a gelerek 13 Mart 1899’da Harp Okulu’ndaki eğitimine başladı.
Apolet numarası 1283’tü. Okula başladıktan 2 ay sonra arkadaşları arasında sivrilerek sınıf çavuşu oldu. Burada yıllarca dost kalacağı arkadaşları Ali Fuat Cebesoy ve Asım Gündüz’le tanıştı. Harp Okulu’ndaki birinci yılı gençlik hayalleri ve çok sevdiği İstanbul’un çarpıcı havası içinde geçiveren Atatürk, sınavlarını başarıyla vererek ikinci sınıfa başladı. İlk yıl, ağırlığı sosyal hayata vermesine rağmen oldukça başarılı olan Atatürk, İkinci ve üçüncü sınıflarda dersleriyle çok daha fazla ilgilenmeye başladı. Zira Harp Okulu’nda dereceye girmek oldukça önemliydi.
Çünkü kurmay sınıfına ayrılmak okulda üstün başarı göstermekle mümkündü. Atatürk, 3. Sınıfta 459 öğrenci arasından 8. olarak dereceye girdi ve kurmaylığa hak kazandı. Sicil numarası 1317-P.8(1901-P.8)’di. Mustafa Kemal 10 Ocak 1902’de teğmen rütbesi ile Harp Akademisi'nde öğrenimine başladı. Sınıfta topçu ve süvari okullarından gelenlerle birlikte 43 öğrenci vardı. Mustafa Kemal Harp Akademisi'nde iken onun üstün niteliklerini ilk keşfeden Osman Nizami Paşa olacaktı. Paşa, Ali Fuat’ın babası İsmail Fazıl Paşa’nın evinde kendisini mahçubiyetle dinleyen Atatürk’le konuşup şunları söylemişti; Mustafa Kemal Efendi oğlum görüyorum ki, İsmail Fazıl Paşa seni takdir etmek hususunda yanılmamış.
Şimdi ben de onunla hemfikirim. Sen bizler gibi yalnız Erkân-ı Harb zabiti olarak normal hayata atılmayacaksın. Keskin zekân ve yüksek kabiliyetin memleketin geleceği üzere müessir olacaktır. Bu sözlerimi bir kompliman olarak alma, sen de memleketin başına gelen büyük adamların daha gençliklerinde gösterdikleri müstesna kabiliyet ve zekâ emareleri görmekteyim. İnşallah yanılmamış olurum. Gelecek günler Osman Nizami Paşa’nın görüşlerini haklı çıkaracaktı. Harp Akademisi’nin öğretmenleri dil bilen, iyi yetişmiş ve seçkindiler.
Akademideki sınıf arkadaşı Asım Gündüz’e göre, Atatürk Fransızcasını ilerletmek için Fransız bir bayandan ders aldı. Bu dönemde Paris’teki Jön Türk gazeteleri ile Fransızca gazetelerini getirtiyor ve arkadaşlarını etkilemeye çalışıyordu. Siyasal düşüncelerinin Harbiye Okulu’nda olgunlaşmaya başladığını söyleyen Atatürk, bir yandan öğreniminde başarılı olmak için sürekli çalışıyor bir yandan da ülkenin kaderine kafa yoruyordu. Zira ülkenin siyasetinde yanlışlar olduğunu fark etmişti. Ülkedeki yanlışlar hakkında herkesin bilgi sahibi olmasını isteyen Atatürk, Harp Okulunda başladıkları el yazısı ile gazete hazırlama işine geri döndü ve gazete çıkarmaya başladı.
Gazete az kullanılan bir dershanede hazırlanıyor, elden ele dolaştırılıyordu. Konuyla ilgili olarak şunları dile getirdi; "Binlerce kişiden ibaret olan Harbiye talebesine bu keşfimizi (Memleketin idaresinde ve siyasetinde fenalıklar olduğu konusundaki keşfi) anlatmak hevesine düştük. Mektepte el yazısıyla bir gazete tesis ettik. Sınıf dâhilinde ufak teşkilatımız vardı. Ben heyet-i idareye dâhildim. Gazetenin yazılarını ekseriyetle ben yazıyordum." Ancak bir süre sonra durum Mektepler Nazırı Zülüflü İsmail Paşa tarafından öğrenildi.
Bu durumla ilgili bilgi alan akademi komutanı bir gün ansızın dershaneye bir baskın yaptı ve öğrencileri suçüstü yakaladı. Komutan konu hakkında takibat yapmayıp sert bir ihtarla yetindi. Fakat Atatürk ve arkadaşları faaliyetlerine ara vermediler. Bir ev tutarak gazeteyi çıkarmaya devam ettiler ancak bir muhbir tarafından ele verilerek tutuklandılar. Meslek hayatlarını söndürmeyen ancak birkaç ay hapiste kalmalarına neden olan olay sonrasında serbest bırakıldılar. Mustafa Kemal 11 Ocak 1905’te üç yıllık notlarının toplamına göre akademiyi beşinci olarak bitirdi.
Atatürk, Harp Akademisi yıllarını yabancı dilini geliştirerek, Namık Kemal’in düşüncelerini izleyip, bunları okul içinde yayarak geçirdi. Askeri eğitimi boyunca yabancı dil, şiir, dans, hitabet gibi o dönemin askeri öğrencisi için pek de alışık olunmayan konularla ilgilendi.
