1960'larda başlatılan projeye iç savaş nedeniyle ara verilmişti. Restorasyon çalışmasına 1995'te yeniden başlandı.
Üç katlı tapınağı yılda iki milyon turist ziyaret ediyor. Orta Çağ'daki Kmer imparatorluğundan kalma tapınak Kamboçya Kralı Norodom Sihamoni ve Fransa Dışişleri Bakanı Fançois Fillon'un katıldığı bir törenle ziyarete açıldı. Fillon, "Baphuon'da olağanüstü bir iş başarıldı" dedi. Kral Norodom Sihamoni de konuşmasında projeye 10 milyon dolar destek sağlayan Fransa'ya teşekkür etti. Kamboçya'da bulunan BBC muhabiri Guy De Launey, Baphuon'un bir zamanlar Angkor'daki en görkemli anıt olduğunu ancak 1950'lerde çökmenin eşiğine geldiğini söylüyor.
Anıtın taşları tek tek sökülerek numaralandı. Parçalar, tapınağın çevresindeki ormanlık alanda muhafaza edildi.
Proje, iç savaş nedeniyle kesintiye uğradı ve anıtın inşası için gerekli olan kayıtlar, 1975'te iktadarı ele geçiren Kızıl Kmerler tarafından imha edildi.
Projenin sorumlusu Pascal Royere, "Ana resmini kaybettiğimiz üç boyutlu dev bir yapbozla karşı karşıyaydık. Bu taşların arasında harç yok. Her taşın yeri ayrı. Birbirinin aynı olan iki taş bile yok." dedi.